Souběžně s lokomotivou ES 499.1 vyvinula Škoda také lokomotivu E 499.3, která byla určena výhradně pro provoz na stejnosměrné trakční soustavě. Konstrukčně s ní úzce souvisela, nepotřebovala však vybavení pro provoz na střídavém proudu. Díky tomu byla o něco lehčí. Výroba těchto lokomotiv byla zahájena v roce 1984 a byly určeny především pro železniční tratě elektrifikované stejnosměrným proudem o napětí 3 kV.
V roce 1988 dostaly lokomotivy E 499.3 nové označení řada 163. Jejich rozšířená přezdívka zní „Pershing“. Z této lokomotivy vznikla také rychlejší varianta řady 162 s maximální rychlostí 140 km/h. Po rozdělení Československa přešly lokomotivy do vozového parku nově vzniklých Českých drah (ČD), kde dodnes tvoří jeho pevnou součást. V každodenním provozu se řady 162 a 163 osvědčují v čele regionálních i rychlíkových vlaků, ojediněle také v lehké nákladní dopravě.
